بسیاری از صاحبان استخر از پودر کلر یا آب نمک (کلرید سدیم) برای از بین بردن باکتری ها، ویروس‌ها و آلودگی ها استفاده می‌کنند و هر دو در این کار نسبتاً خوب عمل می کنند. کلر از رشد جلبک ها جلوگیری می کند و سایر میکروب‌ها و میکروارگانیسم‌ها را از طریق یک واکنش شیمیایی از بین می‌برد. این واکنش شیمیایی به لیپیدها (چربی‌ها) حمله می کند و آنزیم های درون سلول های باکتری ها را از بین می برد و آنها را کاملاً بی ضرر می کند. در واقع کلر انواع آلودگی میکروبی استخرهای شنا را از بین می برد.
انواع آلودگی میکروبی استخرهای شنا
کلر باکتری ها، میکروارگانیسم ها، ویروس ها و سایر آلاینده‌های موجود در آب استخر شنا را از بین می برد. با اینحال کریپتو، ای. کولی و ژیاردیا و کریپتوسپوریدیوم در برابر کلر بسیار مقاوم است و معمولاً باعث اسهال، اسپاسم روده و موارد دیگر در بین شناگران می شود. همین امر در مورد ژیاردیا و همچنین «نام آشنای» دنیای باکتری‌ها، یعنی E. coli، نیز صادق است.
سودوموناس به عنوان عامل ایجاد بثورات وان آب داغ و گوش شناگران شناخته می‌شود و مانند کریپتو، در صورت پایین بودن سطح کلر، می‌تواند در آب کلردار زنده بماند. این باکتری می‌تواند نوع نسبتاً جدی ذات‌الریه را به همراه تب پونتیاک که کمتر جدی است، ایجاد کند. تنگی نفس، تب، درد عضلانی و سرفه از علائم معمول این عفونت باکتریایی هستند.
بهترین راه برای تمیز و ایمن نگه داشتن استخر شنا این است که اگر بیمار هستید، شنا نکنید. وقتی حالتان خوب نیست یا با «مشکلات گوارشی» مواجه هستید، شنا کردن در استخر سرپوشیده هرگز ایده خوبی نیست. ذرات کوچک می‌توانند وارد آب شوند و باعث آلودگی شوند که می‌تواند دیگران را آلوده و بیمار کند.
ادرار کردن در استخر هرگز ایده خوبی نیست. برخلاف تصور رایج، ادرار استریل نیست و ممکن است حاوی ده‌ها باکتری باشد که در صورت مخلوط شدن با آب کلردار استخر می‌توانند مضر باشند.